Super d'avoir la séquence, c'est grave la classe!
Tu vas pouvoir nous faire des sujets de dingue, avec le spécimen
in natura, de beaux petits clichés sous bino, le Per7 et le séquençage...
noelouigre1 a écrit :Je ne pense pas que ce soit cette espèce, le lobe frontal est triangulaire, les lobes latéraux trop développés, etc.
Je ne comprends pas tout aux analyses génet Si je comprends bien la séquence est identique à 86% aux refs dispos pour P. spinicornis, c'est cela ??
C'est bien ça pour les 86%, mais je ne pense pas que Benjamin suggère que ce soit un
P.spinicornis.
Une fois qu'il y eu séquençage, tu interroges la
base de données qui cherche ce qu'il a de plus proche. L'efficacité du résultat va dépendre de la qualité du séquençage mais aussi de l'exhaustivité de la
base (NCBI). C'est ce que Benjamn disait lorsqu'il disait que NCBI n'était pas du tout complète (pour les isopodes), je ne sais pas qu'elles sont les espèces présentes?
En gros, Benjamin a du, je suppose, extraire les ARN (instables) de son cloporte, les rétrotranscrire en ADN (stables). Ensuite grâce à des amorces spécifiques il va pouvoir amplifier et isoler spécifiquement un ADN qui correspond généralement à une séquence codant pour une protéine fixée au préalable. Puis cette séquence est envoyée au séquençage où grâce à une machine dédiée et un logiciel de reconstruction il obtient un résultat final : voici la séquence putative du morceau de
gène recherché. Il existe ensuite des
bases de données énormes (type NCBI) qui permettent de faire une recherche (BLAST) parmi toutes les séquences déposées en accès libre par les labos du monde entier (ou presque). On peut donc voir si cette séquence se rapproche d'une autre.
Après 86% cela veut un peut tout et rien dire dans l'absolu. 86% d'homologie cela dépend de ce qui est comparé. Car toutes les séquences ne varient pas au même rythme dans les génomes. Par exemple si je regarde Rad51 qui répare l'ADN des cellules (donc très importante) les séquences sont identiques chez presque tous les mammifères et il y 86% d'homologie pour (le
gène de) cette protéine entre l'homme et un poisson, un oursin ou un crabe. Pa contre, si on regarde un
gène moins essentiel comme celui qui permet de faire une gouttière linguale chez l'homme à mon avis il n'y a pas 86% d'homologie avec une souris.
En l’occurrence le
gène c'est COI cytochrome oxydase unit (un morceau cf "partial cds"), il ne doit pas varier tant que ça si?
Benjamin me reprendra si j'ai dis une erreur où fais une approximation. J'espère que cela aide à comprendre un peu mieux. Éventuellement si tu as le temps se serait top de nous faire un petit sujet avec juste le nom des principales espèces pour lesquelles on possède déjà une séquence. Dans le labo vous faîtes tout le temps ce
gène? Pour vos espèces de réf aussi je suppose?
Si je comprends bien la séquence est identique à 86% aux refs dispos pour P. spinicornis, c'est cela ??
