Critères phylogénétiques chez les Nymphalidae...

[Valentin073]

up !

[jeromebubu]

Ben .... perso ATGCTGCATT je ne sais pas comment ça se lit pour que ça corresponde à une séquence codante

Les tirets "-" ont déjà un sens: quand tu alignes des séquences similaires mais qu'il y a des bases manquantes (délétions) ou des bases supplémentaires (insertions) en plein milieu de tes séquences, on remplace ces trous par les "-"
5' ATCCTTATGCTTG 3' = Sp1
5' AT-GTTAAGCTTG 3' = Sp2
5' ATCSTTAWGCTTG 3' = Consensus

Mais rappelle-toi qu'il existe déjà une tonne de règles à respecter en phylogénie, pas besoin (ni "autorisation") de réinventer cette science

[Valentin073]

D'accord merci pour les précisions Jérôme

(comment on fait pour trouver les primers d'un gène que l'on n'a encore jamais séquencé ? )

[jeromebubu]

(comment on fait pour trouver les primers d'un gène que l'on n'a encore jamais séquencé ? )

Il faut toujours avoir quelques connaissances sur le gène que tu veux séquencer, sans quoi tu peux ramer des mois ou des années avant d'y parvenir
Dans 90% des cas, le gène a déjà été séquencé, mais pour des bestioles autres que celles que tu étudies: dans ce cas, tu essaies d'en créer à partir de ces autres bestioles, les plus proches des tiennes d'un point de vue évolutif si possible
Sinon, ton gène peut appartenir à une famille de gènes; les gènes appartenant à une même famille codent pour des protéines ayant des activités similaires et possèdent des régions conservées C'est à partir de ces régions que tu peux créer des amorces; mais ces dernières seront certainement au milieu du gène, et donc tu ne séquenceras qu'une partie de ton gène... Parfois ça peut suffire pour faire une phylogénie, sinon tu dois avoir recours à d'autres techniques souvent laborieuses (RACE PCRs, Genome walking...) pour obtenir les bouts manquants Ça a été ma routine ces dernières années...
Dans tous les cas, vu que tu ne connais pas la séquence, il y a de fortes chances pour que tu aies besoin de primers dégénérés (= avec Y, R, ...) avec le risque associé = amplifier des séquences qui n'ont rien à voir avec ce que tu cherches, car primers dégénérés = primers moins spécifiques En plus, tu devras certainement essayer plusieurs paires de primers
Dernier détail: les amplifications et séquençages peuvent s'avérer plus galères si ton gène contient 1 ou plusieurs introns, comme par exemple dans l'ADN génomique

[Valentin073]

Dans ce cas-là on n'a qu'à séquencer tout le génome (nucléaire ET mitochondrial) au moins on est sûr ! Par contre question budget...

Connaîtrais-tu par hasard des gènes qui permettent la pigmentation des tergites de l'abdomen ?

En effet, j'aimerai comparer ceux de certains syrphes à ceux des guêpes et si possible faire une phylogénie "parallèle" pour étudier le phénomène de convergence (ici, mimétisme batésien). Ensuite, je voudrais regarder les aires de répartition des espèces de syrphes et de guêpes pour voir si elles se superposent... j'aime la phylogéographie !

[jeromebubu]

C'est sûr, c'est cher Mais concurrence + progrès font que le séquençage du génome devient de plus en plus abordable pour les labos!

Désolé, mais je ne connais pas ce gène...
Mais méfie-toi, ce n'est pas forcément le gène codant pour la couleur (gène structural) qui est la clé, ça pourrait-être beaucoup plus compliqué
Il y a notamment plusieurs (et de + en +) études qui démontrent que ces clés peuvent se trouver au niveau des mécanismes de régulation de l'expression des gènes structuraux (phénomènes de convergence entre différentes sp. et ssp. du genre Heliconius (pattern alaires)).
Par exemple au niveau de gènes codant pour des protéines (activatrices / inhibitrices) qui régulent l'expression des gènes structuraux, ou au niveau de la zone de fixation de ces protéines régulatrices et qui peut se trouver n'importe où dans le génome!! C'est ce que j'ai fait ces dernières années, et j'ai juste réussi à mettre en évidence l'existence de ce mécanisme, je n'en connais pas les acteurs (ni les protéines régulatrices ni leurs zones de fixation)

[Vin'S]

Et il faut bien avoir à l'esprit que pour étudier l'évolution d'un caractère (comme ici la coloration des tergites), étudier la séquence d'un ou des gènes qui codent pour ce caractère n'est pas forcément ni indispensable, ni le plus facile... Il peut être tout aussi pertinent de construire la phylogénie du groupe à partir d'autres marqueurs moléculaires plus classiques, et donc qu'on connait beaucoup mieux, et ensuite d'inférer l'évolution du caractère d'intérêt en se basant sur la phylogénie obtenue.

[Valentin073]

Merci Jérôme et Vin'S, oui il est vrai que cela n'est pas si utile de construire une phylogénie du gène codant pour la couleur des tergites... c'est trop simpliste, car il y a une expression de gènes en cascade...

Je vais essayer ce qu'à dit Vin'S, je vais essayer de faire une phylogénie puis "inférer l'évolution du caractère d'intérêt en se basant sur la phylogénie obtenue." (j'adore ta phrase, Vin'S ! )

Jérôme, tu me dit que tu as prouvé les mécanismes de régulation de gène structuraux par les protéines régulatrices qui s'accrochent sur des zones de fixation... tu as rédigé un article ?
Et du coup ça veut dire que tu as trouvé un poste de chercheur ?

Pour Noël je vais avoir Méthodes et concepts en phylogénie moléculaire, de Guy Perrière et Céline Brochier-Armanet (édition Springer) ... je vais m'éclater dans les prochains mois
Si l'un d'entre vous détient de livre, qu'en pensez-vous ?

[jeromebubu]

Un article principal + 2 autres qui en découlent ont été publiés
Je te les envoie en MP si tu veux, mais je t'avertis, c'est pas toujours évident à comprendre (plutôt technique)
Ces articles sont issus de mon poste précédent, et donc je suis toujours chercheur ... d'emploi...

Je ne connais pas ce bouquin, mais il est apparemment bien pour ce qui est de la théorie ... et en frenchy, ce qui est assez rare
Il semble donc bien pour une initiation (ou plus) à la phylo et ensuite te permettre de comprendre plus facilement d'autres études en englishe!

[Vin'S]

Je ne connais pas non plus ce bouquin, je vais essayer de le trouver pour voir...