Critères phylogénétiques chez les Nymphalidae...

[Valentin073]

@ Gyp' : Meilleurs noeuds à toi aussi

@ Jérôme: Merci beaucoup pour ta réponse ! Oui effectivement ce n'est pas toujours comme ça, surtout avec les consensus Mais donc les branches dont le livre parle sont forcément des branches internes ?! Une branche externe ne peut pas subdiviser une partition en deux groupes de noeuds externes, puisqu'au bout d'une branche externe il y a... un seul taxon

Meilleurs v(n)oeux à tous !

[jeromebubu]

Meilleurs voeux à toi zaussi cher Gyp'
Ainsi qu'à toi Valentin bien sûr

Il n'y a pas que dans les consensus qu'un noeud peut donner >2 branches malheureusement, c'est même assez fréquent en phylo Ça serait trop simple sinon
Et oui, bien sûr au bout d'une branche externe (terminale) il n'y a qu'un seul taxon

Une branche externe ne peut pas subdiviser une partition en deux groupes de noeuds externes

Ce sont les noeuds (pas les branches) qui subdivisent les partition en groupes: 1 noeud se divise toujours en branches (groupes), mais 1 branche (non terminale) n'aboutit que sur 1 seul et unique noeud

[Valentin073]

Ce sont les noeuds (pas les branches) qui subdivisent les partition en groupes: 1 noeud se divise toujours en branches (groupes), mais 1 branche (non terminale) n'aboutit que sur 1 seul et unique noeud

Je suis d'accord avec cela, mais donc ce sont bien, comme le dit le livre, les branches (internes) qui conditionnent en bipartition l'ensemble des taxons terminaux contenus dans le clade formé par le noeud qui divise cette même branche en deux autres branches ?!

[Lampides]

Valentin, dans le paragraphe que tu cites, le point de vue choisi est bien de définir une partition par une branche et non par un nœud. Ça ne relève pas seulement de la phylogénie : c'est avant tout de la théorie des graphes, dans le cas particulier des arbres binaires (donc pas question de consensus) non racinés.

Regarde par exemple ICI, l'arbre en haut à droite. Si tu retires une branche au hasard, tu obtiendras deux morceaux, donc deux groupes de feuilles. On appelle ces deux groupes une bipartition. Il existe donc autant de bipartitions que de branches : n bipartitions fondées sur les branches périphériques, qui ne nous apprennent rien du tout, et n-3 bipartitions fondées sur les branches internes, qui définissent la structure de ton arbre. Autrement dit, si on te donne juste ces n-3 paires de groupes de feuilles, ça doit te suffire pour redessiner tout l'arbre.

Alors certes, on pourrait s'amuser à partitionner au niveau des nœuds plutôt qu'au niveau des branches, mais on obtiendrait des tripartitions, ce qui serait plus compliqué.

[Valentin073]

Merci beaucoup pour ta réponse Lampides, je pense avoir saisi !

Si tu retires une branche au hasard, tu obtiendras deux morceaux, donc deux groupes de feuilles.

Donc il faut que ça soit forcément une branche interne ? Car si l'on supprime une branche périphérique, cela voudrai dire que l'on supprime le taxon terminal, non ? A moins que l'on ne garde que le noeud périphérique correspondant au taxon terminal

J'ai fait un schéma, pour clarifier les choses





NIDERGAS Valentin : France : NR : NR : 30/12/2013

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[Lampides]

... à moins que l'on ne garde que le noeud périphérique correspondant au taxon terminal ...

C'est tout à fait ça : dans le cas d'une branche périphérique, tu gardes le nœud périphérique à part (il faudrait plutôt l'appeler une feuille) (et j'aurais pu dire qu'on coupe la branche en deux au lieu de la "retirer"). Tu obtiens donc 1 feuille d'un côté, n-1 feuilles de l'autre : c'est une bipartition triviale, qui ne sert à rien pour définir l'arbre.

Pour l'arbre de ton schéma, les 7 bipartitions sont, en gardant ton code couleur :
{ {A}, {B,C,D,E} }
{ {B}, {A,C,D,E} }
{ {C}, {A,B,D,E} } (dessinée)
{ {D}, {A,B,C,E} }
{ {E}, {A,B,C,D} }
{ {A,B}, {C,D,E} } (dessinée)
{ {C,D}, {A,B,E} }
Les cinq premières sont triviales, et les deux dernières constituent la définition mathématique de ton arbre (binaire non raciné).

[Valentin073]

Ok ça y est j'ai compris ! merci beaucoup !
Tu as fait des études en systématiques pour en savoir autant, ou tu as lu le livre que je viens de citer ?

Seconde question (aucun rapport): dans un phylogramme, la distance évolutive entre deux séquences est définie par d = λt avec λ le taux d'évolution entre deux noeuds ou entre un noeud et une feuille. edit: t est le temps écoulé.

Ce que je ne comprend pas, comment peut-on trouver un taux d'évolution entre deux séquences si ces séquences n'ont pas le même taux d'évolution ?
Et dans un phylogramme, à quel endroit s'exprime la distance évolutive entre deux feuilles: distance entre les noeuds menant aux deux taxons terminaux étudiés, différence de longueur entre les deux branches menant aux taxons terminaux étudiés... ?

Je trouve tout cela étrange

[Lampides]

Tu as fait des études en systématiques pour en savoir autant, ou tu as lu le livre que je viens de citer ?

Ni l'un ni l'autre, je répondais juste pour l'aspect informatico-mathématique

Pour ton histoire de distance évolutive, attendons Jérôme, mais en toute logique la distance entre deux feuilles devrait correspondre à tout le chemin qui relie les deux feuilles dans l'arbre...

[Valentin073]

Merci pour ta réponse !
Et attendons celle de Jérôme !

[jeromebubu]

La distance évolutive correspond au nombre de différences (substitutions) entre les séquences; sur un arbre, elle correspond à la longueur des branches (= distance d'un noeud à l'autre).
Pour ce qui est des taux d'évolution, c'est effectivement un problème...
- 1: tous les gènes d'un même organisme n'évoluent pas forcément à la même vitesse
- 2: un même gène aura des taux d'évolution différents d'un (groupe) d'organisme à l'autre
Ceci-dit, il est parfois possible de faire des estimations de ces taux d'évolution, notamment pour des groupes de bestioles ayant divergé récemment et de manière simultanée, et (surtout) pour lesquels un seul événement écologique majeur (géologique, climatique...) est envisageable pour expliquer cette divergence; s'il y en a plusieurs, on ne peut pas dire quel événement est "responsable"...
Pour caricaturer, on suppose que l'événement écologique qui s'est produit à l'instant "t" est responsable de telle radiation, et à partir de là on peut dire qu'il y a eu "x" substitutions en "t" années, ce qui correspond à un taux d'évolution
Jette un oeil à cet article de Brower, il commence à dater, mais le taux d'évolution qui y est calculé est toujours utilisé, 20 ans après