[Carabidae] Ami carabidologue .... we want you !!

[Mike]

Bonjour à tou.te.s

Dans le cadre de mes activités de recherche, je travaille sur la distribution des invertébrés terrestres et leur utilisation pour diagnostiquer l’état de santé des écosystèmes. Par exemple, un réseau d’évaluation de la biodiversité des sols sur 2200 sites en France est en réflexion (https://www.gissol.fr/le-gis/programmes/rmqs-34). Pour complémenter les identifications visuelles, je coordonne le développement d’approches moléculaires basées sur l’ADN environnemental. Or pour que ces approches soient performantes, il faut que les séquences ADN obtenues soient déjà décrites dans les librairies de séquence de référence. Actuellement, environ 8% des espèces de Carabidae présentes en France ont été séquencées, souvent sur des populations de pays limitrophes.

Aussi, je vous sollicite aujourd’hui pour participer à une nouvelle aventure carabidologique !!

Pour compléter la collection de référence en cours de montage, nous avons besoin d’individus savamment identifiés par des spécialistes. Pour les espèces les plus courantes, nous aimerions pouvoir séquencer des animaux venant des différentes régions et tenir compte d'éventuelles variabilités intra-spécifiques. Pour les espèces plus localisées (mais courantes), quelques individus seront suffisants. Enfin, concernant les espèces cavernicoles, rares voire rarissimes (sujet sensible) ….. elles sont en dehors de nos objectifs actuels. Je ne les accepterai que si vous insistez fortement .

N’hésitez pas à me contacter pour plus de renseignements (méthode de conservation, métadonnées, envois, etc)
Merci à tous les futurs généreux contributeurs
Mike

[vanderbergh]

Hello Mike, pour ce qui concerne les cavernicoles pratiquement toutes les espèces ont été traitées par A.Faille

[Zétrik]

Je plussoie ... pour les cavernicoles le travail est déjà fait à plus de 90% ....

[Mike]

en effet !
mais l'objectif n'est pas le même. Dans mon cas, nous ne cherchons pas à faire une phylogénie. Plutôt à développer un outil de diagnostic. Les méthodes (et donc les séquences utilisées) ne sont pas les mêmes.
Mike

[Cymatia]

Est-ce que cela peut également signifier qu'à l'avenir, les inventaires et autres expertises naturalistes ne se feront plus qu'à gros coups de mixeur et d'identification des ADN contenus dans la mixture ?

[Mike]

Est-ce que cela peut également signifier qu'à l'avenir, les inventaires et autres expertises naturalistes ne se feront plus qu'à gros coups de mixeur et d'identification des ADN contenus dans la mixture ?

non, je crois pas. En tout cas, ce n'est pas mon objectif. C'est un nouvel outil, dont on teste les possibilités. Il y a des avantages et des inconvénients. Un inventaire naturaliste sans naturaliste n'a pas de sens

[Mike]

[vanderbergh]

Je ne vois pas ce qui s'opposerait dans ta démarche à utiliser les données de Faille
Quant à évaluer l' état de santé des grottes c'est une autre affaire car il dépend avant tout des traitements (pas que chimique) qu'on fait subir à l'environnement en surface...

[Mike]

Je ne vois pas ce qui s'opposerait dans ta démarche à utiliser les données de Faille

Les couples d'amorces qu'a utilisé Arnaud F. ne sont pas les mêmes car les objectifs divergent: 'simple' identification vs phylogénie. Dans notre cas, nous utiliserons probablement CO1 et un couple d'amorce spécifique développé par le LECA.

[Mike]

Quant à évaluer l' état de santé des grottes c'est une autre affaire car il dépend avant tout des traitements (pas que chimique) qu'on fait subir à l'environnement en surface...

en effet ... je ne crois pas que les outils que nous développerons seront adaptés au milieu souterrain. Un de nos objectifs est de pouvoir reconstruire les réseaux d'interactions dans les sols, de comprendre comment la gestion des milieux les modifie et de pouvoir en faire des indicateurs des milieux. Les premiers essais sont très concluants car nous caractérisons bien les micro-organismes, les protistes, les nématodes, et la mésofaune. C'est plus compliqué pour la faune de surface.... D'où ma demande