[Chironomus riparius] Chironomus riparius

Les syrphes et autres mouches vous attendent...

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Widus
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[Chironomus riparius] Chironomus riparius

Message par Widus »

Bonsoir,
Cette espèce est certainement dans la galerie mais cachée sous Chironomus sp. C'est une espèce commune et même utilisée comme animal de laboratoire. Je vous soumets ici un exemplaire d'une femelle. Je l'ai identifié génétiquement (séquence COX1 ci-dessous). Je pense que l'identification doit pouvoir aussi se faire basé sur les genitalia et d'autres critères morphologiques mais je n'ai pas trouvé de clés pour les femelles Chironomus (elles n'existent sans doute tout simplement pas; merci de les signaler si vous en connaissez). Il y a des clés pour les femelles pour aller au genre cependant.

Image
Christian Widmann : Suisse : Lausanne : 1010 : 18/06/2021
Altitude : 632 m - Taille : 3.6 mm (LAA)
Réf. : 294620
Cliquez sur l'image pour l'agrandir

Séquence COX1: AACTTTATACATTATTTTTGGGGCTTGATCCGGAATAGTGGGAACTTCATTAAGAATGCTTATTCGAGCAGAATTAGGacGACCCGGAACTTTCATTGGAGATGACCAAATTTATAATGTTGTAGTTACTGCACATGCTTTTATTATAATTTTTTTCATAGTTATACCAATTTTAATTGGAGGATTCGGAAACTGACTTGTCCCCCTAATACTTGGAGCACCTGACATAGCTTTTCCTCGAATAAATAATATAAGTTTCTGACTTTTACCCCCCTCTCTTACTCTTCTTCTTTCTAGTTCTTTCGTAGAAAATGGAGCAGGAACTGGGTGAACTGTTTATCCACCTCTATCATCAGCAATTGCTCATAGAGGAGCTTCTGTTGACTTAGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCTGGAATTTCATCAATTCTTGGATCAGTAAATTTTATTACTACAGTTATTAATATGCGAGCTAATGGTATTACACTTGATCGAATACCTTTATTTGTCTGATCAGTAGTAATTACAACTGTTCTTTTACTTCTTTCTCTTCCAGTCTTAGCTGGAGCCATTACTATACTATTAACAGACCGAAATTTAAATACTTCATTTTTTGATCCTGCTGGTGGGGGTGATCCTATTTTATACCAACACTTATTT

Balises :
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bobabar
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Chironomus riparius

Message par bobabar »

Bonjour.

Sans quasiment rien y connaître, content de voir que des gens étudient cette famille. Les spécimens restent souvent en "sp."

Concernant le séquençage COX1, je pense qu'il serait peut-être bien de les proposer (si cela devient plus "habituel", ou au moins plus fréquent) de les mettre entre balise spoiler, non ?
Comme ceci :
Séquence COX1 :
AACTTTATACATTATTTTTGGGGCTTGATCCGGAATAGTGGGAACTTCATTAAGAATGCTTATTCGAGCAGAATTAGGacGACCCGGAACTTTCATTGGAGATGACCAAATTTATAATGTTGTAGTTACTGCACATGCTTTTATTATAATTTTTTTCATAGTTATACCAATTTTAATTGGAGGATTCGGAAACTGACTTGTCCCCCTAATACTTGGAGCACCTGACATAGCTTTTCCTCGAATAAATAATATAAGTTTCTGACTTTTACCCCCCTCTCTTACTCTTCTTCTTTCTAGTTCTTTCGTAGAAAATGGAGCAGGAACTGGGTGAACTGTTTATCCACCTCTATCATCAGCAATTGCTCATAGAGGAGCTTCTGTTGACTTAGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCTGGAATTTCATCAATTCTTGGATCAGTAAATTTTATTACTACAGTTATTAATATGCGAGCTAATGGTATTACACTTGATCGAATACCTTTATTTGTCTGATCAGTAGTAATTACAACTGTTCTTTTACTTCTTTCTCTTCCAGTCTTAGCTGGAGCCATTACTATACTATTAACAGACCGAAATTTAAATACTTCATTTTTTGATCCTGCTGGTGGGGGTGATCCTATTTTATACCAACACTTATTT
Modifié en dernier par bobabar le vendredi 12 novembre 2021, 11:23, modifié 2 fois.
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latique
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Message par latique »

Bonjour,

Je ne peux que suivre pour Chironomus riparius ♀.

Pour ce qui est de la présentation du séquençage je n'ai pas d'opinion mais la suggestion de Fabrice est intéressante.
Eugène
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bobabar
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Message par bobabar »

Ici le séquençage génétique donné est une "première" ou bien connu et donnant avec certitude l'espèce ?
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latique
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Message par latique »

Je ne comprends pas ta question : une "première" pour qui.
Eugène
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bobabar
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Message par bobabar »

Autrement dit : L'espèce vient-elle d'être "barcodée" ? (Il me semble qu'on parle ainsi...). Où bien cette séquence génétique était connue et l'espèce identifié en faisant le séquençage de ce spécimen ?
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latique
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Message par latique »

Christian pourra t'en dire plus mais lis ce sujet : viewtopic.php?t=216577
Eugène
pygloa
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Message par pygloa »

Bonjour tout le monde,

En tout cas BLAST est d'accord avec Chironomus riparius.

P-Y :)
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Widus
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Message par Widus »

bobabar a écrit : vendredi 12 novembre 2021, 8:41 Concernant le séquençage COX1, je pense qu'il serait peut-être bien de les proposer (si cela devient plus "habituel", ou au moins plus fréquent) de les mettre entre balise spoiler, non ?
Comme ceci :
Séquence COX1 :
AACTTTATACATTATTTTTGGGGCTTGATCCGGAATAGTGGGAACTTCATTAAGAATGCTTATTCGAGCAGAATTAGGacGACCCGGAACTTTCATTGGAGATGACCAAATTTATAATGTTGTAGTTACTGCACATGCTTTTATTATAATTTTTTTCATAGTTATACCAATTTTAATTGGAGGATTCGGAAACTGACTTGTCCCCCTAATACTTGGAGCACCTGACATAGCTTTTCCTCGAATAAATAATATAAGTTTCTGACTTTTACCCCCCTCTCTTACTCTTCTTCTTTCTAGTTCTTTCGTAGAAAATGGAGCAGGAACTGGGTGAACTGTTTATCCACCTCTATCATCAGCAATTGCTCATAGAGGAGCTTCTGTTGACTTAGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCTGGAATTTCATCAATTCTTGGATCAGTAAATTTTATTACTACAGTTATTAATATGCGAGCTAATGGTATTACACTTGATCGAATACCTTTATTTGTCTGATCAGTAGTAATTACAACTGTTCTTTTACTTCTTTCTCTTCCAGTCTTAGCTGGAGCCATTACTATACTATTAACAGACCGAAATTTAAATACTTCATTTTTTGATCCTGCTGGTGGGGGTGATCCTATTTTATACCAACACTTATTT
Oui c'est une bonne idée
Modifié en dernier par Widus le dimanche 14 novembre 2021, 10:02, modifié 1 fois.
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Widus
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Message par Widus »

bobabar a écrit : vendredi 12 novembre 2021, 11:26 Ici le séquençage génétique donné est une "première" ou bien connu et donnant avec certitude l'espèce ?
Non ce n'est pas la première fois que cette espèce est "barcodée". En fait le gène COX1 de Chironomus riparius a été séquencé des dizaines de fois. Généralement, je mets les séquences que j'obtiens des espèces que j'analyse sur NCBI taxonomy pour qu'elles puissent être utilisées par la communauté si nécessaire mais dans le cas présent il y en a déjà tellement que je ne l'ai pas fait. On peut s'amuser à placer la séquence de ce post dans BoldSystem pour voir le résultat qu'on peut obtenir ou faire comme Pygola l'a fait, la mettre dans BLAST.

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